Az Agyunk belső nyelve kritikus szemmel veszi górcső alá napjaink agykutatását, rákérdezve annak elméleti kereteire. A jelen idegtudomány empirista filozófián alapszik, amely szerint az agy célja a világ érzékelése, reprezentálása és az igazság megismerése. Posztulál egy döntéshozó homunkuluszt észlelésünk és cselekedeteink között. Ezzel szemben az Agyunk belső nyelve azt állítja, hogy az agy alapvető funkciója a cselekvés és annak következményeinek tárolása a túlélés és a jólét szolgálatában. A cél nem az objektív valóság leképzése, hanem a cselekvés lehetséges következményeinek értekelése. Csakis a cselekedetek biztosíthatják es magyarázhatják az érzékletek relevanciáját.
A "belülről kifelé" modellben nem az érzetek tanítják az agyat és építik fel neuronális köreit, hanem az előre konfigurált és önszerveződő dinamikával rendelkező agy korlátozza, hogy miként látjuk a világot es hogyan cselekszünk. Újonnan konstruált kapcsolatok helyett a tapasztalás közben velünk született neuronális minták sokaságából választ az agy. A "belülről kifelé" modell egy alternatív stratégiát kínál a kognitív képességek magyarázatára.